在临床上，绝大多数肛周脓肿在自行破溃或切开引流后都将形成肛瘘，原因有四：

（1）脓肿破溃后，其感染源（内口）尚未得到妥善处理，由于直肠内压高于肛外压力，污染物（包括肠腔内容物、粪便等）仍在源源不断地通过内口向脓腔内排泄，一方面感染引起的脓性分泌物反复刺激腔壁，纤维结缔组织增生，形成瘘管管壁；另一方面，虽然脓腔在逐渐修复、缩小，但由于脓液不断，管腔也因此得不到愈合。

（2）脓腔在修复后期，常形成迂曲的管道，小而时闭时溃的外口，脓液因此而排出不畅，或刺激腔壁形成硬厚的管壁，或另行穿破形成支管。

（3）肛门周围脂肪组织丰富，易于细菌繁殖。血液供应差，修复能力弱等均可构成肛周脓肿破溃后易形成肛瘘的主要原因。

（4）肛周脓肿多穿越于肛提肌以及肛门括约肌之间，其不断收缩和舒张，直接影响脓腔引流及修复。

中医认为：肛周脓肿之所以发展成为肛瘘，是因为脓肿破溃之后，脓液既出，但余毒未尽，与气血凝结而成。