自身免疫性疾病包括抗磷脂抗体综合征（APS）、系统性红斑狼疮（SLE）、干燥综合征等，因女性体内存在的自身抗体可以导致妊娠期免疫失衡和凝血功能失衡，进而诱发流产。
1.APS是一种非炎症性自身免疫性疾病，临床上以动脉、静脉血栓形成及病理妊娠（妊娠早期流产和中晚期死胎）和血小板减少等症状为表现，血清中存在抗磷脂抗体。因此，复发性流产患者需筛查APS的实验室指标，以明确是否存在该疾病。
2011年我国发布的《抗磷脂抗体综合征诊断和治疗指南》的实验室诊断指标是：（1）血浆中出现狼疮抗凝物，至少发现2次，间隔至少12周。（2）用标准ELISA在血清中检测到中至高滴度的IgG/IgM类抗心磷脂抗体（ACL）（IgG型ACL＞40GPL；IgM
型ACL＞40MPL；或滴度＞99的百分位数）；至少2次，间隔至少12周。（3）用标准ELISA在血清中检测到IgG/IgM型抗β2糖蛋白Ⅰ（β2-GPⅠ）抗体，至少2次，间隔至少12周（滴度＞99的百分位数）。因此，复发性流产患者满足上述实验室指标，可诊断APS。除此之外，IgA类ACL抗体、IgA类抗β2-GPⅠ抗体、抗磷脂酰丝氨酸抗体、抗磷脂酰乙醇胺抗体、磷脂酰丝氨酸凝血酶原复合物抗体与APS密切相关，但是这些抗体并非APS特有，其他的自身免疫系统疾病也可出现阳性，因此这些抗体阳性并不能用于APS的诊断。
建议APS的复发性流产患者一旦发现妊娠，应用小剂量阿司匹林联合低分子肝素，阿司匹林用至孕34周，低分子肝素用至产后6周。也有专家建议，根据患者的病史和抗磷脂抗体是否转阴决定阿司匹林和肝素的用药时间和用量，没有血栓史的患者及既往仅有早期流
产史的患者可减少药物的使用时间和剂量。
2.合并SLE的患者孕前需充分评估病情，2017年发布的《欧洲抗风湿病联盟关于SLE和（或）APS的女性患者健康及计划生育辅助生殖技术妊娠期和绝经期管理的建议》中提出，建议SLE患者孕前寻找危险因素，包括SLE疾病活动或复发，尤其是有活动性肾炎、狼疮性肾炎病史及出现抗磷脂抗体，使用安全的药物，主要为羟氯喹来控制疾病活动及限制糖皮质激素应用。
3.抗精子抗体、抗子宫内膜抗体、抗卵巢抗体等与复发性流产的关系并不明确，且检验方法和准确性存在较大差异，不应作为常规筛查项目与诊疗指标。