乙肝治疗的终点，是实现HBsAg的阴转，这是一个漫长的过程。核苷类抗病毒药物主要抑制cccDNA转录，当新生的被抑制，而原有体内存在的cccDNA耗竭时，可以达到临床缓解，即DNA测不出时即可，但HBsAg定量阳性提示乙肝病毒的衣壳仍在合成从而进行对抗。
长期临床研究发现，DNA<10^2即停药，容易出现病毒反弹。故针对慢性乙型肝炎，要求抗病毒治疗3-5年后，HBsAg定量<1000，可以考虑停药，定期检测相关指标，部分人还是可能出现反弹，尤其是面临放化疗时。
针对肝硬化者，指南明确规定终生服药。
任何情况，都要定期复查相关指标，严格遵守。慢乙肝的最长半年一复查，肝硬化每三月复查。