病因治疗和对症治疗都很重要，在未明确病因之前，要慎重使用止泻药物和止疼药，以免掩盖症状，造成误诊，耽误病情。

第一，抗感染治疗，硅酮类药物适用于志贺菌属，沙门菌，弯曲杆菌，大肠杆菌等所致的腹泻。艰难梭菌感染可以用甲硝唑或万古霉素，肠结核用三联或四联抗结核治疗，阿米巴痢疾可选用替硝唑，甲硝唑等。病毒性腹泻，常不用抗生素，送检大便培养后可经验性给予喹诺酮类抗生素，临床提示，弯曲杆菌者应加用红霉素。

第二，乳糖不耐受症不宜用乳制品，成人乳糜泻应禁用麦类制品。慢性胰腺炎可补充多种消化酶，药物相关性腹泻应停用有关药物，消化道肿瘤可手术切除或化疗，生长抑素及其类似物可抑制肿瘤分泌激素，用于类癌综合征及其他神经内分泌肿瘤引起的腹泻。炎症性肠病，可选用氨基水杨酸制剂，糖皮质激素及免疫抑制剂。

第三，对症治疗。硫糖铝，蒙脱石，可用于感染性或非感染性腹泻。双歧杆菌可以调节肠道菌群，用于急慢性腹泻。可待因，复方地芬诺酯，洛哌丁胺等，因这些药可引起肠动力障碍时，致病菌定植和侵袭，延长排泄时间，故不能用于感染性腹泻。