肠结核好发地区主要位于亚洲国家，以中国及印度为主，而克罗恩病以欧美国家为主，但由于近年来我国居民生活水平提高，生活方式多样化，饮食结构改变，导致我国克罗恩病发病率逐年上升，而随着克罗恩病及肠结核的患病率提高，临床特征的诸多相似，导致近年来误诊率高达50%～70%，为临床医生诊疗带来巨大困难，因此，准确鉴别二者尤为重要。

1. 临床表现

肠结核：主要临床表现为发热、腹泻、体重下降等，同时伴有肠外及肛周病变。

克罗恩病：主要临床表现为便血、并易发肛门、器官脓肿、肠壁、直肠病变等。

多数情况下二者临床表现具有很大相似性，均可出现： 腹痛、腹泻、腹部包块及便秘等。一般临床症状相似情况下，若患者合并肠外结核则考虑肠结核，合并肠瘘、原发性硬化性胆管炎、外周关节病变、口腔溃疡等则倾向于克罗恩病。

2. 内镜下表现

在好发部位方面，肠结核与克罗恩病相似，但回盲瓣及周围受累者多考虑肠结核，单纯累及回肠者多考虑克罗恩病。内镜下表现二者均可出现多发溃疡、纵行溃疡、环形溃疡、不规则溃疡及典型铺路石样改变，并无明显特异性表现，有数据表明在狭窄方面二者差异无明显意义，但节段性分部方面，克罗恩病远高于肠结核。环形溃疡及纵行裂隙样溃疡可成为二者内镜下特征性表现。

3. 组织病理学

肠结核病理活检特征性表现为干酪样坏死性肉芽肿，克罗恩病特征性病理特征为非干酪样肉芽肿，但二者发现率均不高，甚至有报道显示即使经外科手术取病理仍无法确诊。而有研究表明肠结核肉芽肿数目更多，且多位于固有层，克罗恩病肉芽肿数目少，多位于黏膜下层。

4. CT小肠造影

虽然内镜检查及病理活检在诊断与鉴别二者疾病中发挥金标准的作用，但CT小肠造影（CT Enteroclysis，CTE）仍是诊断克罗恩病不可缺少的工具，克罗恩病患者中肠壁受累程度，肠壁不对称增厚，病灶多呈阶段性，腹膜增厚及梳状征等5项指标更为常见；肠结核中肠壁不均匀强化，对称性增厚，淋巴结环形强化更为常见。

5. 实验室检查鉴别

在常规实验室检查中，二者均有轻度贫血、低蛋白血症，提示二者存在消化吸收功能障碍，而轻度C反应蛋白（CRP）升高，提示疾病处于活动期。

干扰素释放试验，血小板与淋巴细胞比值，外周中性粒细胞与淋巴细胞比值，抗酿酒酵母菌抗体（ASCA）在鉴别二者中敏感度及特异度均较低。

结核菌素实验（PPD）阳性率及结核抗体阳性率有助于诊断肠结核，但由于其敏感度及特异度低的缺陷，导致血清学检查不能完全用于二者鉴别。

在分析肠结核发病机制以及分子生物学等原理基础上，目前结核分枝杆菌DNA会选择聚合酶链反应来完成检测，聚合酶链反应对于肠结核来说可以快速完成病原学角度诊断，但是在临床诊断治疗过程中，会发现克罗恩病跟肠结核二者之间存在非常显著的相似临床表现，难以鉴别肉芽肿性疾病。

粪便与肠黏膜组织两者鉴别中有效的使用荧光定量聚合酶链反应（quantitative polymerase chain reaction）具有非常显著的诊断鉴别意义。

结核杆菌T细胞斑点试验在鉴别克罗恩病及肠结核过程中具有显著现实意义。

6. 其他鉴别方法

克罗恩病及肠结核可选择检测内脏脂肪完成准确鉴别，因克罗恩病内脏脂肪占总脂肪比例明显升高，同时肠结核内脏脂肪占总脂肪比例较低。

对于目前存在的鉴别方法，大部为回顾性分析，不管样本大小，方法均一致的。即目前缺乏一系列有效研究结论，因此迫切需要实现大样本量、随机对照前瞻性研究，使结果更有说服力，完成我国克罗恩病及肠结核诊断方法的制定。