该病的确切原因尚未明了，但是有一些高危因素值得关注.
首先是胆道感染 胆道蛔虫症.过去常见 由于卫生条件有限 患有消化道蛔虫，蛔虫钻入胆道后引起感染 若干年后 形成肝内胆管结石。但是近年来胆道蛔虫症引起的肝内胆管结石病越来越少。
第二可能和人种相关，西方少见。东方多见。主要分布于东亚和东南亚。这让人想到该病可能和遗传基因相关。但是该病很少见到家族的聚集现象。
第三该病有地域分布 如在我国西南 华南 长江流域多见 北方某些散在地域多见。是否和地理条件相关有待于研究。
第四 有的学者称和饮食习惯相关 但是没有相关的研究结果