在临床工作中，有不少患者或家属会问:“我们的乙肝病毒转阴了，怎么还会得肝癌呢？”的确，控制乙肝病毒对于降低肝癌发生有明显而直接的意义，这是许多临床研究所得出的科学结果。但这也只能是“降低”，而不是“根除”肝癌发生。
首先，这与乙肝治疗有直接关系。目前的乙肝治疗只能是抑制病毒复制或使血液中乙肝病毒被免疫清除，而不能把乙肝病毒从其“寄生”的肝脏内部彻底清除出去。这与乙肝病毒侵入肝脏细胞内复制产生的cccDNA直接相关，后者很难被清除，能复制进而产生乙肝病毒。只有清除了细胞核内的cccDNA，才能彻底消除乙肝患者体内的病毒。通常所说的乙肝病毒转阴实际是血液乙肝病毒的转阴。所以即使血液中完全没有病毒，肝脏内部还是有乙肝病毒的，仍然可能继续在造成肝细胞损害或启动潜在的癌变发生。
其次，乙肝病毒转阴只能是血液中病毒检测不到，这还与所使用的检测仪器或试剂有关，一般医院检测的低限为1000拷贝/毫升，好的医院检测的低限为100拷贝/毫升。检测不到并不代表血液中完全无乙肝病毒，只是认为转阴了，基本没有传染性。
最后，在我国乙肝虽然是发生肝癌的主要原因，但还有其他因素也可导致肝癌发生，如丙肝病毒、长期大量饮酒、霉变食物中的黄曲霉素、自身免疫性肝病等。
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