遗传因素
据了解，鼻咽癌患者通常为黄种人，在我国的很多地区是鼻咽癌疾病的高发地。广东省以广州、佛山、肇庆等地区的发病率最高，每10万男性中就有18～27个人患此病，而女性占8～9个人。高发区的人即使迁居远地，如到了东北，其后裔仍保持有很高发病的倾向，这说明了鼻咽癌的发生有明显的种族敏感性。此外，不论在高发区还是在低发区中，都可以发现有家族聚集性的倾向。例如普查中就发现有这样典型的例子，一家三代49人中，有10人患癌症，其中9人是鼻咽癌。可以认为，遗传因素在鼻咽癌的病因方面起重要作用。

病毒因素
20世纪中期，专家在电子显微镜下观察发现，由患者体内恶性淋巴瘤培养成的瘤细胞中含有大量疱疹病毒颗粒，并命名为EB病毒，后来的研究表明，此病毒与鼻咽癌有密切关系。例如，鼻咽癌病人的血清中有对EB病毒各种特异性抗原的抗体反应，而且抗体的量由早期到晚期的发展过程在不断增多；EB病毒大量存在于鼻咽癌活检组织中；EB病毒不但能使人体组织，而且能使接近于人类的灵长类动物的组织发生恶性改变，有明显的致肿瘤作用，等等。根据这些实验结果，有人甚至认为EB病毒可能就是鼻咽癌的病因。

环境致癌因素
此外，有很多的研究报告显示，鼻咽癌疾病的发生与人们生活的环境有关。例如，高发区的居民不少自幼喜食咸鱼，咸鱼中含有较多的亚硝胺化合物；病人家庭的烟尘中含有大量芳香族多环烃；此外，高发地区的空气、水源、食物以至于病人的头发中均含有较多的微量元素镍等等，这些物质都被认为具有致癌作用。关于鼻咽癌与环境致癌因素的关系，还有一些不同的看法。