包皮是男性外生殖器的解剖结构之一。在静息状态下，部分覆盖阴茎龟头，起到保护作用。Kayaba 等根据包皮的伸缩能力将包皮分为 I~V 型。I 型：包皮完全不能伸缩；Ⅱ型：只显露尿道外口；Ⅲ型：显露尿道外口及部分阴茎头，但不能显露至冠状沿；Ⅳ型：显露至冠状沿；V 型：充分显露整个阴茎头。上海市第六人民医院泌尿外科宋鲁杰

过长包皮的内面是鲜嫩的粘膜上皮，其角蛋白保护层明显薄于包皮外板，组织学上这类似于鼻粘膜和阴道粘膜，极易积聚病原微生物，包皮内面还容易破溃感染。过长的包皮还导致阴茎冠状沟成为致病菌绝佳的“藏身所”，冠状沟内分泌积聚的包皮垢亦是致病菌良好的“滋生地”。包皮内板富含免疫细胞，明显多于尿道粘膜、子宫颈粘膜、包皮外板等。艾滋病毒感染人体主要是通过免疫细胞，免疫细胞对于一般致病菌有抵抗作用，但一旦其吞噬了艾滋病毒，就变成了人体内的“木马病毒”。有研究在暴露于艾滋病毒的条件下，包皮内板每1000个细胞一天复制了301个HIV，而外板为0。HIV必须侵入免疫细胞，才能感染人体，而包皮内板的免疫细胞极接近于粘膜表层，因而通过各种机制易感染艾滋病毒。在性交过程中，本来很薄的包皮内板被勃起的阴茎拉伸的更薄，直接接受对方分泌物中病毒的侵入，而冠状沟内藏匿的病毒亦会感染随后的性伴侣。大宗随机对照试验结果表明包皮环切术后可降低感染HIV风险约56–75%。2007年WHO呼吁将包皮环切术作为对抗艾滋病的“疫苗”，并强调其极高的性价比。尽管避孕套可以防护艾滋病毒的传播，但在性交前序过程中，包皮内板仍易感染各种分泌物。因而相比之下包皮环切对于艾滋病的防护作用是更加肯定的，如果能够包皮环切术后合并使用避孕套，则防护作用更佳。此外，包皮内温暖湿润的环境非常利于诸如梅毒螺旋体、Ⅱ型单纯疱疹病毒等的生长，同时易破损的包皮内板和系带亦是易感因素。包皮环切可以有效防护这些疾病的传播。