从功能的改变上说，短肠综合征与慢性腹泻相似，因为胃肠道的活动性改变了，包括分泌消化和吸收功能，这相当于一部分小肠切除，但不是由细菌感染引起营养不良，当然短肠综合征的严重程度与肠段切除的多少有关，例如回盲瓣这样一个生理性，括约肌部分作用，是控制肠内容物通过的时间以及避免往回长逆流，故回盲瓣的切除，会增加其严重性。当然切除其它某些肠段也会出现特殊的症状，例如双糖酶活性在空肠段大， 而且长促胰酶肽亦在这一部分分泌，如果切除空场，就会引起碳水化合物吸收不良，同时引起，但可以分泌的下降，如果回肠切除，就会引起胆盐的回收和对维生素b12的吸收，总的来说非常的适应能力比空谈好，因此空乘会比，回肠切除易处理一切。

肠段切除的早期就会出现症状，主要是液体和电解质的大量丢失，使肠内的营养难以有效执行，故在紧急情况下可考虑全静脉营养，因为肠段切除后的残留部分，会逐渐适应，吸收能力也逐渐提高，但需要一定的时间，一般来说管饲和胃瘘的耐受性比口服十五高，此外要素膳比较易于接受。

如果病者得到必需的营养供应，病人会适应过来，可以逐步将要素膳改变为复合食物，即蛋白质，淀粉类食物都可以被接受，但多餐少食仍然是必要的，此外药物不应该忽视，例如，胆盐回收不好时，应使用利胆胺，又如使用Loperamide类药物减慢食物通过时间。必要时还要使用抗菌药物等，只有症状得到改善了，才有利于营养治疗的执行。