使用药物治疗IBD的主要目的在于诱导缓解（也就是消除症状）和维持缓解（预防复发）。药物的主要作用机理是控制肠道炎症。对于IBD患者，并没有统一的治疗方案，常常根据症状、病程而定。恰当的治疗取决于精确的诊断。诊断IBD一般需要结合内镜检查、影像学检查、病理学检查等。
虽然IBD的治疗药物不断涌现，但是仍然有部分IBD患者最后需要手术治疗。外科医生的干预是IBD治疗的重要部分，有丰富的IBD治疗经验的外科医生非常重要。有经验的外科医生才能够准确掌握手术时机、采用正确的手术方法，这对IBD患者的治疗效果至关重要。
在IBD的诊治过程中，患者和医生应该详细讨论所有的药物治疗手段和外科手术方式。患者阅读相关的医学读物可以增进对最新药物和手术治疗的了解。