真核酵母菌细胞属于低等生物细胞。因此，重组酵母乙肝疫苗的优点在于生产系统操作简单，表达量高，可用于大规模的工业化生产，成本较低。因此在我国的乙肝疫苗中占主要市场。
哺乳动物细胞属于高等生物细胞，从宿主亲缘性上，肯定是CHO细胞与人体更亲近。因此，其表达的乙型肝炎表面抗原更接近天然形式，产物的分离纯化也较简单，疫苗稳定性好。但是，由于哺乳动物细胞对培养条件等方面要求比较高，导致成本上升，其推广受到了一定的限制。
临床试验结果表明，两种疫苗(重组酵母乙肝疫苗10µg与重组CHO乙肝疫苗20µg，或者重组酵母乙肝疫苗5µg与重组CHO乙肝疫苗10µg比较)对于新生儿免疫和乙肝母婴阻断的效果，无明显差异，均具有较好的免疫和母婴阻断效果，对新生儿的安全性也都很好。另有文献研究显示，由于机体对疫苗的应答情况与疫苗的抗原结构有关，对重组酵母乙型肝炎疫苗免疫后低应答或无应答者换用高剂量的重组CHO疫苗可提高免疫成功率