营养不良：众所周知，长期消化不良直接影响胃肠对食物营养物质的吸收，从而导致营养不良。表现在成年人身上就是气虚乏力、面色无光泽、免疫力差，如果发生在青少年身上，则会影响其身体及智力的发育。

易患慢性胃肠疾病：很多慢性胃肠疾病的前兆就是消化不良，预示个人消化功能出现问题，甚至存在炎症和幽门螺杆菌感染，如果没有及时治疗，则可能进一步转为慢性胃肠疾病，给后期的治疗增加了难度。如胃窦炎的发生就和消化不良存在着密切的联系，长期消化不良使食物残渣停留在胃窦部的时间延长，长年累月，胃窦部发炎溃烂导致胃窦炎的发生。

增加癌变几率：如果原来就患上慢性胃肠疾病，那么一方面原发病加重消化不良的症状，另一方面，消化不良的症状预示着慢性胃肠疾病的恶化。比如慢性浅表性胃炎的患者，如果长期消化不良，且近期腹胀明显，食欲不佳，大便异常，那么就要考虑萎缩性胃炎的可能性，甚至不排除癌变危机。

导致贫血：一方面是因为消化不良导致营养不良进而发生贫血，另一方面是由于消化不良加重胃肠蠕动障碍，发生便秘便血。还有一方面是由于消化不良的原发病造成的胃肠慢性出血，如胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等。

腹泻：因为肠内的平衡被打乱，腹泻其实也是一种保护面制，把体内的毒素排了出去，而过早服用止泻药往往不可取，会带来梗阻。

便秘：吃了太多的食物，辣的、油炸的、生冷的这些食物堆积在一起就会导致儿童出现便秘的问题，儿童便秘又会使毒素堆积，近而危害孩子健康。

腹痛：肚子里堆积的东西过多，肠道蠕动出现异常，直接导致儿童呕吐、腹痛，严重的话一般在家吃药都不能缓解，还需去医院检查，也算比较严重的后果。