1、下腹痛和痛经：疼痛是子宫内膜异位症的主要症状，典型症状为继发性痛经或进行性痛经加重。疼痛部位多出现在下腹、腰骶及盆腔中部，有时会阴部、肛门和大腿处也会出现疼痛，常于月经来潮时出现，并持续至整个经期。少数患者可表现为持续性下腹痛，经期加剧。
2、不孕：子宫内膜异位症患者不孕率有40%。引起不孕的原因有：盆腔微环境的改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加并破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。中、重度患者可因卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵运输。
3、性交不适：多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因局部粘连使子宫后倾固定者。性交时碰撞或子宫收缩上提而引起疼痛，一般表现为深部性交痛，月经来潮前性交痛最明显。
4、月经异常：15%-30%的子宫内膜异位症患者有月经量多、经期延长、月经淋漓不尽或经前期点滴出血的情况。可能与卵巢实质病变、无排卵、黄体功能不足或合并有子宫腺肌病和子宫肌瘤有关。