先天性巨结肠病理分型是结合病变范围和治疗方法选择，以及临床疗效的预测而做的分型。 

1．超短段型：还叫“内括约肌失弛缓症”病变局限于直肠远端，临床表现为内括约肌失弛缓状态，新生儿期狭窄在耻尾线以下。 

2．短段型：病变位于直肠近、中段，相当于第2骶椎以下，距肛管不超过6.5cm。 

3．常见型：无神经节细胞区自肛管开始延至第1骶椎以上，距肛管约9cm，病变位于直肠近端或直肠、乙状结肠交界处，甚至乙状结肠远端。

4. 长段型：病变延至乙状结肠或降结肠。 

5．全结肠型：病变波及全部结肠及回肠末端，距回盲瓣30cm以内。 

6．全肠型：病变波及全部结肠以及回肠30cm以上，甚至累及十二指肠。

目前研究认为全肠型的病理机制、临床表现处理均与其他类型巨结肠不同，需区别对待。 另外，偶见有“病变肠段呈现跳跃式”的巨结肠病例，但不多见。该病理类型的巨结肠患儿多为新生儿，其结肠肠段大体病理外观像“火腿”样，在各个扩张段之间，可见狭窄病变。提示：胚胎时期肠道神经嵴细胞在从前肠向远端移行的机制时复杂的，某种情况的产生，可能让该细胞呈现“跳跃式移行”。 有可能胚胎早期肠道神经嵴细胞呈现的是一种“波浪式”的跳跃性移行，远端“跳跃波”之后残留的神经嵴细胞空白区，由近端不同波次的细胞移行波不断填补和覆盖。尽管如此，虽然都是胚胎时期肠道神经嵴细胞，位于近端和远端的它们，跳跃能力是不一致的，远端细胞的跳跃能力最强大，但在向远端移行的过程中，在后期阶段出现了“强弩之末其势不能穿鲁缟”的现象；也可能是远端细胞没有问题，但近端细胞出现了无法抵达和覆盖的情况；还有一种可能，就是骶神经嵴细胞的发育或跳跃能力出现异常。 深入了解各型先天性巨结肠的发病机制需要了解肠道神经系统（肠道神经系统和其内的神经嵴细胞）发育过程。 

人体神经系统由中枢神经系统(CNS)和周围神经系统(PNS)来构成。PNS独立于 CNS而单独存在，并可调节肠管的生物学活动。肠神经系统（Enteric nervous system，ENS）是PNS的一部分，主要功能是监控管腔和肠壁的状态和适当反应，激活内在反射，产生混合和推进性的肠管蠕动和改变血液的流动，促进水和电解质的分泌物。肠道神经元和神经胶质细胞交织成节，其内每种细胞又都包含许多不同的神经元亚型。只要能在脊髓中发现的神经元，在ENS均能悉数找到，此外，ENS的神经递质表达多样性与CNS一致。ENS内的肠道神经节相互连接，形成两个纵贯肠管全长的神经丛：肠壁外侧缘的肌间神经丛（Myenteric plexus, 位于纵行肌和环形肌之间，并沿肠道全长运行)。上述两个神经丛内含有大量神经节，位于神经节内的众多肠道神经元和神经胶质细胞协调一致，执行肠管正常功能。此外，肠道神经元与肠道内其它不同类型的神经细胞（包括Cajal间质细胞，提供肠壁起搏活动，被认为是调解肠道运动神经元和平滑肌之间的神经递质）相互作用，从而使ENS可以调控肠道平滑肌的规律运动。 ENS的起源和发育：绝大多数ENS来源于移行性神经嵴细胞(NCC) ，其中绝大多数为“迷走神经嵴细胞”(迷走NCC)，该细胞起源于各级体节水平的神经管。神经管内有不同亚型的迷走神经嵴，它们促成了不同区域原肠的发生。前肠内一小部分ENS也来源于迷走神经后区域的“躯干神经嵴细胞”(躯干NCC)。也就是说，上述两类细胞都是“迷走神经来源的细胞”，构成了前肠发育的主体干细胞。人类这些NCC于孕4周时进入前肠，即成为“肠道神经嵴源性细胞” (Enteric neural crest-derived cells, ENCCs)。这些ENCCs是ENS的前体细胞（祖细胞），也可以说，ENCCs都是迷走神经源细胞。ENCCs主要按照从头端到尾端的方法进行移行，沿途依次定植在前肠（食道，胃和十二指肠），中肠（小肠，盲肠和阑尾，升结肠，横结肠前段），后肠（横结肠后段，降结肠，乙状结肠和直肠），全部移行过程在人类于孕7-8周时完成（图2）。近年来有研究发现：“骶神经嵴细胞”(骶NCC)在胚胎较晚时期开始迁移，也参与中肠远段和后肠里面一小部分肠道神经元和神经胶质细胞的形成。 上述三种来源的ENCCs均参与了ENS的构建。它们从头端向尾端的方向移行或“行进”过程中，当这些ENCCs到达盲肠，移行出现明显停顿，持续数小时。在此处，不断向远端迈进的“ENCCs流”在移行中呈现“片段化”改变，“ENCCs流”前面的细胞数量增加，这些细胞在移行或往前迈进过程中，表现出一种“探索性前进”或“犹豫性前进”的特征。这些现象告诉我们：①盲肠可能是移行细胞进行调控的一个特异性区域；② 处于发育阶段的原肠(Gut)是一个组织微环境不断调控的器官；③ ENCCs离开盲肠向尾端的后肠继续前行时，ENCCs逐步恢复其移行行为能力并构成一个ENCCs网络；④组织微环境发生改变时，ENCCs流前面的细胞出现问题，从而出现了长段型巨结肠，巨结肠类缘病，跳跃型巨结肠，常见巨结肠，短段型巨结肠……