1941年Rupel 和Brown首次描述了经皮肾取石术，从Ⅰ期开放肾造瘘术形成的瘘道中取出结石。1955 年Goodwin 等首次描述了未经影像辅助引导下通过放置经皮肾造瘘管引流重度肾积水，被认为是首例经皮肾造瘘术。1976 年Fernstrom 和Johannson首次应用肾镜通过经皮穿刺扩张的肾造瘘通道用套石篮取出肾盂内结石，被认为是历史上第一例PCNL。1984 年Wickham 等将该技术正式命名为“经皮肾镜取石术”。

2001年Lahme 等提出扩张经皮肾通道在14-16F 进行经皮肾镜取石，命名为“minimally invasive percutaneous nephrolithotomy”（MPCNL）。2011年Bader 等在美国泌尿外科学会会议上首次报道了可视穿刺系统，穿刺过程完全在直视下完成，并发现目标结石，但后续依旧扩张通道，并完成碎石与取石。2011年，Micro-PCNL 的概念正式提出，Desai等在完成可视化穿刺后不行通道扩张，通过F4.85 的穿刺针外鞘完成碎石，并将该手术方式命名为“Micro-PCNL”。

由于F4.85通道无法取石，2013 年Desai 等采用F13通道的经皮肾镜处理2cm以下肾结石，并命名为超细经皮肾镜取石术（ultra-mini-percutaneous nephrolithotomy，UMP）。

2014 年国内曾国华等首先报道了采用F 7超细通道经皮肾镜处理肾结石，并命名为超微经皮肾镜取石术（super-mini-PCNL，SMP）。2019年李建兴等报道经B 超与直视联合引导下采用F4.2 可视穿刺肾镜未扩张下完成经皮肾镜碎石术，并命名为“Needle-Perc”。

随着经皮肾镜碎石通道的微创化有效降低了大出血DSA栓塞的机率。