癫痫和偏头痛可能是共存的。这两种慢性疾病有共同的特点-间歇发作，这些相似的特点容易导致诊断混淆。现实中共患病率是呈上升趋势，但两者也可以独立存在。偏头痛发作可以触发癫痫发作。一些头痛症状也可能是癫痫发作时或发作后的一部分。两者都可在女性月经期前或月经期间加重（月经性偏头痛和月经性癫痫）。
依据病历可以进行偏头痛与癫痫的鉴别诊断。在典型的偏头痛发作中，不会有意识丧失发生，约20%患者会有视觉先兆体验。偏头痛发作的开始是循序渐进的，其发作平均持续数小时。癫痫发作的开始是突然的，其发作仅持续数分钟。偏头痛脑电图常正常或表现为非特异性异常，而癫痫样异常则见于癫痫患者。
偏头疼
偏头痛是常见的神经疾病，在青少年中高发，且在女性发病概率是男性的三倍。其他的家庭成员也可能患有相同疾病。可存在或不存在视觉先兆。偏头痛先兆在头痛前或过程中都会出现。患者常诉视觉现象诸如黑斑，闪光或视野模糊。他们会看见斑点、线条或星星，随后有单侧或双侧头痛。恶心和呕吐会伴随头痛，同时对光和声高敏感（恐光和恐声）。青少年有可能患变异型偏头痛-基底动脉型偏头痛，有其他类型的视觉先兆，并随后有眩晕感、平衡障碍、恶心或呕吐。患基底动脉型偏头痛的人群很少出现意识丧失。
与癫痫相关头疼
一些良性癫痫，如儿童中央顶区良性癫痫和儿童良性枕叶癫痫，与偏头痛相关。患有合并症的患者可选择对癫痫有效同时对偏头痛有预防作用的药物。丙戊酸钠、妥泰和加巴喷丁多被应用于两病并发。