腭扁桃体分内侧面（游离部）和外侧面。外侧面较大，为一结缔组织包膜所包绕，此包膜与咽上缩肌相邻，且附着不紧密，形成一潜在间隙，称扁桃体周围隙。在其上部，仅有少许疏松组织充填其间，称为扁桃体上窝（在包膜之外），手术时较易分离，但也为扁桃体周脓肿的好发部位。

腭扁桃体内侧游离面黏膜上皮为鳞状上皮，且上皮向扁桃体实质陷入形成6～20个隐窝（crypts），均为盲管，呈分支状。深浅不一，称扁桃体隐窝。其中有一最大而位置最高的隐窝，开口于半月襞之下，称扁桃体上隐窝，常为扁桃体周脓肿的发源地，炎症由此可穿过包膜蔓延至扁桃体上窝而形成扁桃体周脓肿。

扁桃体隐窝内无黏液腺，此不同于咽扁桃体和舌扁桃体。故当腭扁桃体发生炎症时，脱落上皮、淋巴细胞、白细胞和各种细菌，可堆积于隐窝开口处，此时表现为扁桃体表面有点状豆渣样物附着，即所谓隐窝栓塞。但在扁桃体上窝内有Weber腺，这是一组管状黏液腺，由20～25个黏液腺样结构组成。共用导管分布至扁桃体包膜，开口于扁桃体表面，其分泌物被认为有助于扁桃体窝内食物残渣的消化。Passy（1994）认为扁桃体周脓肿是由于Weber腺化脓性炎症而引起的。目前认为：扁桃体切除术后，患者出现咽干症状可能与切除了该腺体有关；此腺的化脓性炎症亦是扁桃体周脓肿的原因之一。

扁桃体由3种组织构成：结缔组织支架、淋巴滤泡及滤泡间组织（间质）。扁桃体包膜的结缔组织伸入扁桃体组织内，形成支架或称梁。在小梁之间为许多淋巴滤泡，滤泡中有生发中心。滤泡间组织为发育期的淋巴细胞。

扁桃体上、下均有黏膜皱襞。上端称为半月襞(semiluna fold),位于腭舌弓与腭咽弓相交处，覆盖扁桃体上端，扁桃体上隐窝开口于其下方。下端为三角襞（triangular fold），由腭舌弓向下延伸，以广基止于舌根，包绕扁桃体下段，成人可无此襞。在三角襞中有淋巴组织，在施行扁桃体切除术时应将其尽量切除，以免其中的淋巴组织术后增生肥大而出现类似扁桃体残体的症状。

扁桃体的动脉血主要来自颈外动脉的分支（5支）：

①腭降动脉，为上颌动脉的分支，分布于扁桃体上端及软腭；

②腭升动脉，为面动脉的分支；

③面动脉扁桃体支；

④咽升动脉扁桃体支，来自颈外动脉。以上4支均分布于扁桃体及两弓；

⑤舌背动脉的扁桃体支，分布于扁桃体下端。

在进行涉及腭扁桃体的手术时，如扁桃体切除术或扁桃体周围脓肿引流术，注意颈内动脉穿过茎突后咽旁间隙。虽然不常见，但也可能发生损伤，尤其是在颈动脉扭曲或中间化的情况下。成人的颈内动脉通常位于扁桃体窝后外侧2.5厘米处，而11公斤以下儿童的动脉位于扁桃体窝后外侧1.5厘米。  


扁桃体静脉血先流入扁桃体包膜外的扁桃体周静脉丛,经咽静脉丛入颈內静脉。扁桃体的静脉血尚可流入翼丛,间接与绵窦相通,故当扁桃体有较严重感染时,有引起海绵窦血栓性静脉炎的可能。另外，颈外动脉偶以分支直接供应扁桃体。

咽的感觉神经和运动神经主要来自由舌咽神经咽支、迷走神经咽支、副神经及交感神经构成的咽丛（pharyngealplexus），位于咽后壁外膜层内。

其中运动神经主要来自副神经（支配咽喉肌）。鼻咽上部、软腭及扁桃体上端的感觉为三叉神经的上颌神经所支配，且后两个部位为上颌神经的腭后神经所支配。扁桃体下端的感觉直接由舌咽神经未经咽丛的分支所支配。