乳头瘤病毒的系统演化
乳头瘤病毒是由8kb的环状双链DNA基因组组装而成。由于这些病毒没有可靠的细胞培养体系和血清学标志物，因此，乳头瘤病毒的命名和分类就只能建立在DNA基因组的特点上。传统上，把与其他乳头瘤病毒DNA有显著不同的提取物叫作“型”，并把所有的乳头瘤病毒和多瘤病毒归于一个分类科，即乳多空病毒科。在最近的25年中，人类对其分子结构的不断深入研究表明，将乳头瘤病毒与多瘤病毒属归于一个科已不可能，以不断增加的乳头瘤病毒提取物的基因进化比较为基础，从多层次建立分类，到目前为止，这些命名已被国际病毒分类委员会正式认可。各种乳头瘤病毒形成了一个它们自己的“科”，即乳头瘤病毒科，在该科中，由远端相关的乳头瘤病毒型别构成的每个主要进化分支被称为“属”，“属”是由一群密切相关的乳头瘤病毒型别所组成的“种”构成。当乳头瘤病毒一个型别的L1基因区核苷酸序列与其他型别的核苷酸序列至少有10%差异时，被称为“型”。
“亚型”与“型”容易混淆，“亚型”是指各型别L1基因区序列有2%~10%差异的罕见提取物。同一型别的单独提取物显示核苷酸序列有细微差别，被称为“变异体”。乳头瘤病毒基因组进化的速度非常缓慢，已知动物和人类的乳头瘤病毒型别的进化树似乎代表着与它们宿主一样古老的进化史，即一亿多年前脊椎动物体内的乳头瘤病毒和几十万年前人乳头瘤病毒型别的变异体。从“属”的分类学水平上说，分类学分级和分子生物学特点、致病属性之间的关系有限，但从降低分类学水平上说，组成同一物种的乳头瘤病毒的型别有相似的生物学特点和致病属性。分类是HPVDNA检测和分型建立的基础，HPVDNA的诊断是建立在利用通用引物来进行聚合酶链反应（PCR）的基础研究和一些用于临床研究不同种类的杂交和扩增反应的商业试剂盒之上。