1.对钙及骨代谢影响：乳糖分解成乳酸促进钙的吸收，如果因为乳糖不耐受给予低乳糖食物，导致小肠对钙的吸收利用减少；同时由于腹泻会导致钙的吸收减少及钙的丢失增加，也会导致缺钙。如果不积极处理，长时间乳糖不耐受可引起小儿佝偻病、软骨病、成年后骨质疏松等骨代谢异常。

2.远期影响：婴幼儿乳糖不耐受最常见、明显的症状是腹泻，如果不能早期诊治，腹泻与乳糖不耐受互为因果，部分患儿会演变成慢性或迁延性腹泻。增加宝妈的护理难度，如臀红，尿布疹，宝宝不舒服爱哭，睡觉差喜欢妈妈报着睡等。严重的乳糖不耐受可导致患儿水电解质紊乱、低钙、低锌等微量元素缺乏、贫血、营养不良、体重低下、生长发育迟缓，包括智力及行为异常等严重后果。