一般认为,先天性畸形的病因20%为遗传因素、5%为环境因素、大部分由多因素所致。引起第一,二咽弓发育障碍的因素都可能导致中外耳畸形的发生,目前先天性中外耳畸形发病机制不清楚，下面结合作者的工作进行一此探讨。

一、基因与遗传
先天性中外耳畸形是否与基因有关？是否具有遗传性？这是患者及家属极为关注的问 题.也是国家卫生健康委员会关注的洗及民生的问题。是否具有遗传性尚无定论,但对小耳畸形家系及系谱分析的报道有连续1~5代不同程度畸形表型者,星不完全外显性。在作者的临床工作中,亦发现连续4代发病家系,临床表型具相似性，这都支持遗传因素是小耳畸形病因之一,但所占比例尚无法进行统计。对其遗传方式有多种推测.主要为常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、多因素遗传,在综合征型尚有X连锁遗传. 连续4代中外耳畸形家系 日前占绝大多数(95.6%(527/551))的非综合征型者分子机制的研究尚无报道,仅有少数综合征型者基因已定位,如Treacher Collins 综合征,BOR(Branchio-oto-rrnal syndrome)综合征均为常染色体显性遗传.前者的基因为TCOF1,定位在5q31.3-32;后者基因为EYA1，定位在8q13.3。其他如外耳道狭窄、耳前缕管等.同属于第一、二咽弓发育畸形，它们的基因已有定位和克隆，外耳道狭窄基因定位在18q22.3--18q23，而耳前瘘管与SALL1基因突变有关。 根据“基因通过转录，再经翻译成为蛋白质（表型）的途径，表型异常可以是此通路上的任何一个环节发生异常所致，但临床表型中通常以III度畸形（邹艺辉V度分法）最为常见。因此可以推测，各种影响因素可能是通过此途径中某一个固定的作用点，从而导致了相似或相同的表型。临床中我们发现很多孪生者中只要其中之一发病的情况，其胚胎发育的环境是相同的，因此，单个病例基因的可能性不能排除，当然也存在异卵双生（基因差异）的可能。

二、胚胎发育与畸形
从胚胎发育学来看，一个结构的产生有诱导和塑性两个当面，诱导决定该结构的产生和位置，塑性决定该结构的形态，因此，基因也分成两种：诱导基因和塑性基因。诱导基因异常导致该结构缺失或异位，在耳廓表现为无耳（V度）或异位耳廓；塑性基因异常则导致该结构形态异常，I~IV度小耳畸形均属于这种情况。
因此，寻找小耳畸形的致病基因可从两方面入手：
1、从正常发育途径寻找耳廓发育的决定性或相关基因。作者在鸡胚耳发育的研究中，已发现与内耳、中耳，甚至外耳道发育密切相关的基因，希望寻找到与耳各部分发育整合相关基因；
2、从异常表型入手，逆向查找相关基因。小耳畸形主要是耳廓软骨异常，可以从寻找耳廓软骨发育调控和（或）塑性基因入手。

三、环境隐私
包括化学制品、药物、放射线和病毒等。抗癫痫药三甲双酮、卵泡激素雌三醇、促排卵药克罗米芬枸橼酸盐、维生素A及反应停都是已知的致耳急性药物。环磷酰胺、镉和树脂已有报道在大鼠能诱导耳畸形。

四、血供
胚胎发育期血供障碍，如出血、供血动脉发育畸形，是导致先天畸形（如小耳）的原因之一。

五、其他影响因素
1.母体疾病 是导致胎儿畸形的重要因素，如母亲糖尿病致胎儿多器官、多系统畸形是已知的，颅面畸形相对较少，但在Ewart等的报道中发生率较高，在21例糖尿病母亲所生婴儿中，半面短小症67%，小耳畸形52%，听力损失43%。1.母亲生育年龄、孕次都是影响因素。2.母亲抽烟、喝酒亦是影响因素。3.其他 引起第一、二咽弓发育障碍的因素都有可能导致中外耳畸形的发生。

六、缺氧
作者总结认为：胚胎期缺氧是导致先天性中外耳畸形的密切相关因素。临床小耳畸形男性、右耳多发，因耳发育期右耳线粒体成熟较左侧晚，对缺氧的耐受性差一些，因此易于发生异常。男性雄激素能降低线粒体的呼吸率和增加对化学性缺氧的敏感性，而线粒体是氧气的加工厂，线粒体发育晚或功能低都会导致缺氧。高原地区（缺氧）小耳畸形发病率明显增高、海拔高度（缺氧）影响耳廓发育、胚胎期血供障碍（如出血、供血动脉畸形），是导致先天畸形（如小耳）的原因之一，都是上述理论的证据。