脑积水分流术最主要的并发症就是分流系统的阻塞。分流管堵塞表现出来的征象是颅内压的增高，如阵发性的头痛，恶心，呕吐，困乏以及智力的下降等，严重的可能发生意识丧失或昏迷。如果这些情况发生的话就必须立即送往医院急诊，外科医生会进行一些测试以明确堵塞部位，然后进行外科手术，对分流系统进行处理。中国医科大学航空总医院神经外科陈国强

阻塞可以发生在分流系统的任何一个部位。可能因为血液，脑组织，肿瘤组织能堵塞，也可能因为自身连接问题而堵塞，或者由于儿童的成长等原因，导致分流管的位置变化而阻塞。

脑脊液分流术并发症感染与排异反应。感染在所有的外科手术中都可能发生，特别比如分流系统这样的体内植入物情况下。 

如果在分流管途经的部位出现红肿的情况，则要警惕感染的发生，而立刻告诉外科医生。都则感染可能会导致切口裂开，甚至发生全身系统感染，高热。发生感染时通常要将分流管去除，有时通过大剂量的抗生素治疗也可能不用拔除分流管。 由于分流系统属于植入物，病人可能出现排异反应。分流管的任何部位所引起的疼痛和炎症反应都必须立即向外科医生反应。

分流不足或过度分流的发生，是由于病人直立时由于重力的原因导致过多的脑脊液被分流。过度分流会引发一系列的症状。病人会感到头痛，在直立状态时加重，平躺时减轻。其他症状包括头晕，呕吐，嗜睡，视力障碍。在儿童如果他们在学校的表现下降时，要警惕是否有过度分流。

如果出现这些问题，一定要及时去神经外科就诊。航空总医院神经外四科（内镜微创神经外科病区）利用软性神经内镜能更好的解决分流术后各种问题。