胃间质瘤是恶性肿瘤，但肿瘤的大小不同，恶性程度不同。直径小于2cm的胃间质瘤恶性程度低，往往可以进行定期观察，而无需进行手术治疗。而直径大于2cm的胃间质瘤需要进行完整的肿瘤切除手术。手术后会进一步检测肿瘤的大小、核分裂像、及基因的突变，医生会根据这些结果来决定患者是否需要进行术后的靶向药物治疗。对于肿瘤直径大于5cm或核分裂像比较高的患者，术后肿瘤复发和转移的概率很高。需要口服相应的靶向药物。直径小于2cm的胃间质瘤体积较小，无明显症状，一般在患者体检或者是胃镜检查时意外发现。当胃间质瘤发生转移时，可出现转移的症状。如果转移到肝脏，肝脏区域会有疼痛、压痛的表现。而有些患者则会出现进行性吞咽困难、恶心、腹痛、上腹部充盈不适、腹痛不适等症状，有些患者还会表现出幽门梗阻。而如果转移到肠道，还可能出现肠梗阻的临床症状。