克隆氏病迁延日久，很难自行痊愈，多需要综合治疗。一般包括饮食疗法、药物疗法、手术疗法。

首先，发作期应给予高热量、高蛋白、低脂肪、低纤维素饮食，补足维生素及各种微量元素。忌食辛辣、生冷、油腻、海鲜食品，必要时给予全胃肠外营养。

药物治疗可选用抗生素、免疫抑制剂、水杨酸柳氮磺胺毗啶、免疫球蛋白、肾上腺皮质激素或采用中医药结合治疗。抗生素如灭滴灵可抑制肠道厌氧菌，改善肠黏膜、降低肠道炎症活动指数；免疫抑制剂如硫唑嘌呤等，可与皮质激素联合应用；免疫球蛋白可改善临床表现；水杨酸柳氮磺胺毗啶适于活动期治疗，效果明显；急性期运用激素如氢化考的松滴注或灌肠，或口服强的松龙均有较好地治疗效果。在非活动期结合中医药辩证治疗也是不错的选择。

对于内科治疗无效，不能正常生活或影响生长发育者，或伴有肠梗阻、腹部肿块、持续性贫血、外瘘形成者可采用手术治疗，可行部分肠切除或全结肠切除造瘘术。