根据国际卫生组织调查数据，约15%育龄夫妇存在生育障碍，其中男性因素引起的生育障碍约占50%；在已知的导致男性不育的遗传学因素中，Y染色体的微缺失居于第二位，仅次于克氏征。

Y染色体上存在很多与精子发生相关的基因，Y染色体的缺失和重复可导致生精障碍或不育。

Y染色体的缺失会导致少精、弱精甚至是无精子症，对于男性备孕来说是一个不小的挑战，Y精子缺失的男性，难以怀孕，最好是采取试管婴儿技术。

Y染色体微缺失属于Y连锁的遗传病，该病会随着Y染色体的传递而100%遗传给男性后代；我国2018年新版的胚胎植入前遗传学诊断/筛查技术专家共识中，也将“致病性微缺失或微重复”列入了PGD的适应证中；

因此Y染色体微缺失的病人可以通过PGD进行性别筛选，选择女性胚胎进行生育，从而阻断Y染色体微缺失的传递。

但是Y染色体微缺失导致的不育并不属于严重遗传疾病，该病变对其儿子将来生育的影响程度目前尚不确定；对于有Y染色体缺失的家庭，是否选择第三代试管婴儿技术选择生女孩还是得由自己决定。