大肠黑变病病因不清，多数学者认为其原因是患者长期食高蛋白、高脂肪食物、食纤维素食物少，使胃肠反射减弱，蠕动减少，引起习惯性便秘，因为便秘而长期服用蒽醌类(美鼠李皮、番泻叶、大黄苏打等)泻药有关。还有一些便秘为出口处便秘，它们包括“直肠前突”、直肠内套叠、直肠前壁粘膜脱垂、会阴下降综合征、盆底痉挛综合征、耻骨直肠肌综合征等，致长期排便困难。一般认为长期服蒽醌类泻药9-12个月可发生大肠黑变病，随着便秘症状的改善和泻药的停用，大量脂褐素经溶酶体消化、分解，大肠黑变病的色素沉着可减轻甚至消失。

因此，建议多食蔬菜、水果及纤维丰富的饮食，以及多喝水、多锻炼，以减少便秘或排便困难，养成良好的排便习惯，停用或不用含有色素的泻药而改用油性的缓泻剂，必要时使用胃肠动力药和微生态制剂等药物治疗缓解便秘，可减少大肠黑变病的发病或逆转已经产生的病变。对于已经确诊为大肠黑变病的患者，要定期随访肠镜，及时发现伴发的结肠息肉、腺瘤及结肠癌，早期内镜下进行高频电切或手术根除治疗。