理论上，HPV-DNA与HPV-E6E7的区别有：

HPV-DNA
1.HPV-DNA包括低危与高危
2.HPV-DNA可以区分感染的型别
3.HPV-DNA可区分单一感染和多重感染
4.HPV-DNA可区分持续（重复）感染或一过性感染

HPV-E6E7
1.HPV-E6E7只包括高危
2.HPV-E6E7检查有两种结果
，AptimaHPV（AHPV）和AptimaHPV16/18/45Genotype（AHPVGT）
3.E6E7阳性提示HPV已经与宿主细胞发生了基因整合
4.HPV-E6E7HPV病阳性提示持续感染，病毒整合到宿主细胞基因组中


临床上应用中，HPV/DNA与HPV-E6E7阳性的区别有：

1.HPV-DNA阳性（一过性感染或持续感染），HPV-E6E7可能阳性（持续感染），也可能阴性（一过性感染）
1.HPV-DNA阳性，提示一过性感染或持续感染，HPV16或者HPV18阳性（即使TCT正常情况下）需要阴道镜评估-宫颈活检，其他亚型，除非持续感染，可以不做阴道镜评估/宫颈活检（TCT正常情况下）
2.HPV-E6E7阳性，提示持续感染，HPV16或者HPV16/18阳性（即使TCT正常情况下）需要阴道镜评估/宫颈活检；而其他阳性，也建议做阴道镜评估/宫颈活检（即使TCT正常）

作为宫颈筛查，两种方法都可以。两者临床意义不完全相同，主要区别是病毒的游离状态或整合状态（一过性感染或持续感染的区别）。

HPV-DNA检测阳性，或许早于HPV-E6E7阳性，但HPV-DNA阳性可能是一过性感染（也可能是发展为持续感染），而则HPV-E6E7阳性则提示持续感染，其阳性检测结果可能晚于HPV-DNA阳性检测。

1.HPV-E6E7阴性，HPV-DNA阴性，提示没有HPV感染
2.HPV-E6E7阳性，HPV-DNA阳性，提示HPV持续感染
3.HPV-E6E7阴性，HPV-DNA阳性，提示HPV感染早期，或一过性感染
4.HPV-E6E7阳性，HPV-DNA阴性，这种情况可能性不大。