世界卫生组织也曾指出：“孕妇和哺乳期妇女不是接种乙肝疫苗的禁忌症。”因此，怀孕期间也可以接种乙肝疫苗。

曾有两项妊娠期间接种乙肝疫苗的研究，结果表明接种2剂乙肝疫苗后，84%的孕妇产生抗体，59%的新生儿出生后检测到抗HBs；接种3剂乙肝疫苗的孕妇可产生更高的抗HBs，新生儿从母体获得的抗体也更多。妊娠中、晚期接种乙肝疫苗是安全的，没有发现对妊娠妇女和胎儿的不利影响。妊娠早期接种乙肝疫苗的报道较少，目前没有发现乙肝疫苗对孕妇或胎儿产生明显的不良影响。美国医生建议乙肝表面抗原、表面抗体及核心抗体均阴性的妊娠妇女应该接种乙肝疫苗。

我国曾有乙肝疫苗致妊娠早期流产的报道。因此，我国为了妊娠妇女和胎儿的安全，一般不建议妊娠期间接种乙肝疫苗。建议在婚检时进行乙肝五项检测，若HBsAg和抗HBs均为阴性，尤其是男性配偶为乙肝病毒感染者时，育龄女性最好在孕前接种乙肝疫苗。如果乙肝病毒感染者的妻子在未接种乙肝疫苗的情况下已经怀孕，且抗HBs阴性，也不必补种疫苗，但要在孕期避免性生活，孩子出生后立即接种乙肝疫苗，妻子可在产后补种乙肝疫苗。但若在接种乙肝疫苗时意外怀孕，也不必终止妊娠，可以继续怀孕。因为到目前为止，除了有一例流产的报道外，还没有乙肝疫苗导致胎儿发育异常的报道。