尽管像Fay, Grant, Putnam, Scarff等神经外科学者不断进行神经内镜研究，但由于技术方面的困难及较高的死亡率等原因，使其后的数十年内神经内镜的发展处于停滞阶段。

脑室分流系统的出现

1952年，Nulsen和Spitz首次应用脑室分流装置治疗脑积水标志着脑室脑脊液分流时代的到来及神经内镜时代的终结，脑室脑脊液分流术对于脑积水的治疗具有里程碑的意义。相对于脑积水的其他治疗方法，脑室分流术操作简单、死亡率低，早期成功率较高，这使得以神经内镜辅助下三脑室底造瘘术治疗脑积水的方法逐渐退出历史舞台。陕西省核工业二一五医院神经外科谢国强

显微神经外科的发展

显微神经外科诞生于20世纪60年代，它弥补了神经内镜的一些不足。神经显微镜具有清晰成像及图像放大的功能，使得神经外科医生可以开展颅内深部及颅底手术，同时与随之衍生了一些新的手术入路及手术方法，使得神经内镜再次走向低谷。

尽管在20世纪60年代关于神经内镜的报道日趋减少，但科技的不断进步为神经内镜的发展奠定了良好的基础。