随着胸部CT检查的普及，越来越多的胸腺肿瘤被检出，手术是最重要的治疗方式。
胸腺肿瘤R0切除（完整性切除）、临床病理分期、组织学类型是决定胸腺肿瘤预后的三大独立预后因素。
现有的研究认为，胸腺瘤切除术(thymomectomy)仅适用于Masaoka-KogaI期的胸腺肿瘤。
而对于Masaoka-KogaII期以上的胸腺肿瘤，仅行胸腺瘤切除术的术后复发率显著高于行全胸腺切除术的患者。
但是，无论术前影像学检查或者术中肉眼观察，均无法区别Masaoka-KogaI期和II期的胸腺肿瘤，而且胸腺肿瘤也可能为多原发或多病灶，按照解剖切除和肿瘤学根治性切除的原则，仍然应该行全胸腺切除术（thymectomy）以保证手术治疗的效果。